1987년 5월 고산리 주민이 흙을 채취하기 위해 땅을 파다 석창과 긁개를 발견하고 제주대학교 사학과 학생을 통하여 이청규 교수에게 알려졌다. 같은 달 출토지점 일대를 답사하여 첨두기 등 타제석기 3점을 추가 발견되고 융기문토기가 채집된 후 제주대학교박물관의 1991년 지표조사 및 3차례의 발굴조사를 통해 학계에 보고되면서 세상에 알려지게 되었다. 그 중요성을 인정받아 1999년 국가사적 제412호로 지정되었다.

제주고산리유적은 행정구역상 제주특별자치도 제주시 한경면 고산1리에 위치하며 제주도 최서편에 자리하고 있다. 위도로 동경 126°12′, 북위33°17′이다.  이 일대는 한장밭이라 불리는 평탄한 대지로 이루어진 곳이며 해발고도는 15-25m정도의 해안저지대이다. 이 지역은 경사가 아주 완만하고 해발고도 200m까지 2~3°의 평탄한 지형을 이루고 있으며 이러한 지형은 특히 고산에서 대정읍 모슬포 사이의 제주도 남서부 지역이 잘 발달되어 있다. 유적은 고산1리에서 해안포구로 이어지는 자구내라는 하천을 중심으로 분포하고 있다. 유적 옆에는 자구내마을이 자리하며 서쪽에 해발 148m 의 당산봉이, 남쪽에는 해발 65m의 수월봉이  위치하고 있다.  이러한 기생화산(오름)은 10만 년 전에서 2만2천년에 걸쳐 형성된 것이다. 자구내마을과 수월봉사이에는 높이 10~20m의 해안절벽이 발달과  함께  약간의 소나무림이 조성되어있는데, 화산쇄설퇴적층으로 구성되어 있다는 점이 특징이다.

고산리유적에서 출토된 유물은 석기와 토기로 나누어진다. 먼저 석기는 석촉을 중심으로 한 첨두형 석기가 대부분을 차지하고 있는 것이 가장 큰 특징이다. 이외에도 찌르개, 긁개, 새기개, 뚜르개, 일부 가동된 석기가 있다. 박편과 돌날, 그리고 박편[부스러기]등이 다수 확인된다. 이외에도 견과류를 제분 할 때 사용했던 갈돌과갈판, 고기잡이용 어망추, 화살대를 만드는 시병연마석기 등이 알려져 있다. 아울러 융기문토기 단계의 결상이식[귀거리]  1점이 출토되었다. 토기는 모두 신석기초기에 생산된 고토기이며 종류별로는 고산리식토기, 원시무문양토기, 덧무늬토기, 누른무늬토기, 눌러그은무늬토기, 지자문토기 등이 확인되었다. 그 외 지상식주거지, 수혈식주거지, 적석노지, 각종 수혈유구가 확인되었다.